El territorio que hoy forma la comuna de Paine fue ocupado por grupos étnicos originarios, particularmente por el pueblo picunche, u hombres del norte, que le dieron su nombre (del mapudungun payne, que significa “Cielo Azul”). A la llegada de los españoles, la tierra fue repartida como encomienda a diferentes conquistadores españoles, y tras el paso de los años, la posesión de los terrenos quedó en manos de doña Paula Jaraquemada (1768 – 1851). Al momento de su muerte, la hacienda fue dividida en fundos y repartida entre sus hijos, los que hasta hoy llevan sus nombres (San Miguel, San Rafael y San José) y aún quedan rastros de lo que fuera su casa, ubicada en el Fundo Las Heras.
Durante el período de independencia del país, ocurrieron hechos significativos en la comuna de Paine. De ellos, podemos destacar:
-El refugio de la montonera de Manuel Rodríguez en los cerros de Aculeo (tras la toma de Melipilla),
-La huida de Bernardo O’Higgins con los sobrevivientes del Desastre de Rancagua por la cuesta de Chada y la contemplación del incendio de esta ciudad desde la cima
– El famoso refugio que doña Paula Jaraquemada dio a los patriotas para enfrentar a los realistas.
Como muchas comunas, Paine se conformó a medida que fue aumentando su población, sin que mediaran disposiciones legales. La subdelegación de Paine, entonces perteneciente al Departamento de Maipo, recién fue creada por decreto supremo del Ministerio del Interior el 2 de noviembre del año 1885, marcando esta fecha el hito de reconocimiento oficial dela ciudad de Paine. Para ese entonces, la comuna contaba con las subdelegaciones de Aculeo, Hospital, Paine, Escorial y El Tránsito. La sede administrativa de Paine funcionaba como tal en la localidad de Hospital, y su primer alcalde fue don Miguel Letelier Espínola. No obstante, el año 1900, la municipalidad pasó a funcionar en Paine, y su primera sesión se celebró el día 6 de mayo de ese mismo año, teniendo como alcalde a don Miguel Campino Larraín.
A partir del Decreto Supremo N°8.583 del Ministerio del Interior, de fecha 30 de diciembre de 1927, se crea oficialmente la comuna de Paine, con parte del territorio de la antigua comuna de Linderos y parte del territorio de la antigua comuna de Valdivia de Paine.